La estructura del museo, se desarrolla principalmente en dos fases, aunque existe una tercera que es la planta de administración colocada en planta baja, por ello se desarrolla principalmente la estructura más compleja. La fase donde se encuentra la exposición permanente, envuelta por tres volúmenes que giran en entre sí. Esta estructura posee un núcleo central de comunicación entre las diferentes galerías de la exposición permanente, enlazándose con los talleres pedagógicos, situados en la parte alta y bajo estos se sitúa el auditorio (Bajo el mismo volumen comenzando por la izquierda). La sala permanente adquiere el otro volumen en dos de sus plantas y en las pasarelas d comunicación en rampa, bajo estas se coloca el bar , entrada secundaria. Estas tres piezas estructurales se apoyan en dos costillas de hormigón  y exteriormente por dos costillas de estructura metálica, apareciendo dos caparazones de hormigón (azul)para arriostrar la estructura.

La segunda fase es la que comprende la sala de exposiciones temporales  a la cual se accede desde una escalera introducida en el núcleo estructural de esta fase. Este núcleo transmite las cargas del voladizo, ayudándose de la planta baja de forma que en un perímetro igual a la planta de este volumen se producen anti vuelcos, aprovechando los espacios entre costillas para alojar los archivos y documentación históricas. Para este voladizo la estructura es de hormigón aligerado, con refuerzos de acero.